Obwohl die verwendeten Lasergeräte durch eine Vielzahl von internen und externen Kontrollen abgesichert sind, kann sich auch bei einem solch bestkontrollierten Gerät eine Fehlfunktion entwickeln. Wie bei jeder anderen Maschine gibt es keine 100%ige Sicherheit. Die Geräte sind jedoch in den letzten Jahren so ausgereift, dass Zwischenfälle nicht mehr bekannt wurden und auch nicht zu befürchten sind.

Auch mangelhafte Zusammenarbeit zwischen Arzt und Patienten kann zu Problemen führen, so dass sich der Patient unbedingt nach den leicht einzuhaltenden Anweisungen des Arztes verhalten muss. Insbesondere muss der Patient während der Operation unbedingt das Ziellicht fixieren, da sonst nicht das Zentrum der Hornhaut behandelt wird und dadurch unerwünschte Effekte auftreten können (zu geringe Korrektur, ungleichmäßige Korrektur mit starker Blendempfindlichkeit, Bildverzerrungen, Doppelbilder).