Hier können alle Probleme auftreten, die schon für die PRK beschrieben wurden. Da zusätzlich vor der Applikation der Laserenergie die Hornhaut aufgeschnitten werden muss, können auch hierbei Komplikationen auftreten. Es kann vorkommen, dass das Keratom nicht richtig aufgesetzt wurde oder werden konnte und daher die Lamelle nicht zentral, sondern seitlich versetzt geschnitten wurde. Solange das Gewebe dennoch zentral abgetragen wird, bleibt dies aber folgenlos. Die Lamelle kann auch zu dünn geschnitten werden, was ebenfalls meist nicht ins Gewicht fällt. Wird die obere Lamelle allerdings zu dick geschnitten, verbleibt zu wenig Gewebe bei der unteren Hälfte der Hornhaut. Dies kann bei der Abtragung von Gewebe bis hin zur Eröffnung des Augapfels führen. In solchen Fällen kann nur eine Hornhaut-Transplantation das Auge retten.